В 1981 году Херцог приступил к съемкам ленты «Фицкарральдо», после 2-х лет подготовительных работ. Предполагалось, что главную роль исполнит американец Джейсон Робардс. Однако во время съемок он тяжело заболел. Херцог обратился к Марио Адорфу, но тот отклонил предложение, потому что «испугался херцоговской одержимости». В разгар работы над фильмом Херцог остался без актера. Неожиданно ему принесли телеграмму: «Если хочешь, можешь ангажировать меня. Клаус Кински». В итоге роль Фицкарральдо досталась любимому актёру Херцога Клаусу Кински, однако его капризное поведение довело до белого каления не только режиссёра, но и вождя индейцев, который предложил Херцогу убить Кински.

Фильм давался его создателям тяжело — несколько насыщенных дней сменялись полной остановкой всего процесса. После многочисленных простоев, постоянной пересъемки материала, американские продюсеры (Джейсон Робардс и Мик Джаггер) отказали Херцогу в продлении контракта, т.к. деньги были истрачены и счета в банке заморожены.

Настоящий корабль реального существовавшего ирландца Брайана Суини Фитцджеральда весил 28 тонн. Корабль Херцога – 328, причём в съёмках принимали участие два абсолютно одинаковых судна.

Создание фильма заняло четыре года.

Фильм Вернера Херцога был удостоен Каннской пальмовой ветви за режиссуру, а в 1982 году вышла документалка «Бремя мечты» о съёмках «Фицкарральдо».

Вождь индейцев, занятых в фильме в качестве статистов, на полном серьёзе предлагал Херцогу свою помощь в убийстве Кински, если он так захочет. Режиссёр, разумеется, отказался. Впоследствии, Херцог в шутку сказал, что пожалел об отказе.

По словам Херцога, если бы не своевременное появление Кински в качестве актёра, ему пришлось бы самому исполнить роль Фицкарральдо.

Главный герой имел исторического прототипа — Карлоса Фермина Фицкарральдо.

Первоначально планировалась, что роль помощника Фицкарральдо сыграет Мик Джаггер. Однако мировое турне помешало ему сниматься, и тогда Вернер Херцог выбросил эту роль из сценария.

Когда Кински возжелал всё бросить и уехать из Перу, где проходили съёмки, и даже сел в лодку, — Херцог сказал ему, показав револьвер, что всадит в капризного актёра все пули, кроме последней. Которую пустит себе в голову. После чего «работать с Кински стало сплошным удовольствием».

Херцог сожалел, что во время съёмок не велась стереозвукозапись, — поскольку звуки, издаваемые перетаскиваемым через гору кораблём, «не похожи вообще ни на что».

Потрясающая сцена медленного переваливания корабля через разделяющий реки холм снята без каких-либо спецэффектов, с применением хитроумных инжерных приспособлений. Вернер Херцог стремился к тому, чтобы зритель физически ощутил масштаб происходящего, и это ему полностью удалось. Более того: эпизод с порвавшимся канатом, когда уже преодолевшее часть пути судно вдруг начинает скользить обратно, вниз, отражает собой реально возникшую во время съёмок ситуацию.