Джин Родденберри не считал анимационный сериал «Звёздный путь» «каноническим», в отличие от телевизионных сериалов. Дело в том, что телесериалы он снимал ради денег, так что ни за что не позволил бы авторам сценария использовать в сюжетах мультсериала некоторые идеи, знай он наверняка, что со временём вернётся к съёмкам телевизионного сериала. Необходимо отметить, что некоторые авторы сценариев сериала «Звездный путь: Энтерпрайз» (2001-2005) не согласились с Родденберри. В короткометражном документальном фильме «У последней черты» (2006) они утверждают, что мультсериал является полноправным и полноценным продолжением сериала «Звёздный путь», и что именно таковым они его и считают. В документальном фильме рассказано, как элементы вселенной анимационного сериала «Звёздного пути» были включены в «Звёздный путь: Энтерпрайз», который является приквелом к «Звёздному пути».

Из соображений экономии «Звёздный путь» должен был сниматься без участия Джорджа Такей, Уолтера Кенига и Нишелль Николс. Узнав об этом, Леонард Нимой наотрез отказался участвовать в проекте без своих друзей. Чтобы не лишиться самого популярного персонажа, руководство «Filmation Associates» cогласилось подписать контракты с Такеи и Николс. Кениг остался за бортом, однако написал сценарий для эпизода «Бесконечный вулканец», премьера которого состоялась 20 октября 1973 года.

Уолтер Кениг, автор сценария эпизода «Бесконечный вулканец» (1973) в анимационном сериале, стал первым актёром франшизы, написавшим сценарий к одной из серий. Впоследствии многие задействованные в каком-либо проекте франшизы актёры будут писать сценарии, романы и комиксы, действие которых разворачивается во вселенной «Звёздного пути». Ещё больше актёров со временем станут режиссёрами различных эпизодов и фильмов.

Многие отказываются признавать этот мультсериал частью общей франшизы, хотя в нём есть серии, являющиеся прямым продолжением эпизодов популярного сериала «Звёздный путь». Например, контрабандист Мадд из эпизодов «Женщины Мадда» (1996) и «Я, Мадд» (1967) «Звёздного пути» появляется в «Страсти Мадда» (1973) мультсериала «Звёздного пути». Место действия эпизода «Однажды на планете» (1973) мультсериала «Звёздного пути» взято из серии «Увольнение на берег» (1966) телесериала. Сюжет эпизода «Проблема с трибблами» (1967) телесериала продолжают события, о которых в мультсериале рассказано в серии «Больше трибблов — больше проблем» (1973). Кстати, в этом эпизоде мультсериала использован сюжет, изначально предложенный для одной из серий третьего сезона «Звёздного пути», но отвергнутый. (Поначалу в «Звёздном пути» планировался и третий эпизод, где действует Мадд.) Эта традиция продолжать сюжетные линии прежних эпизодов привела к появлению полнометражного фильма «Звёздный путь 2: Гнев Хана» (1982). Фильм стал продолжением эпизода «Космическое семя» (1967) «Звёздного пути». Та же самая традиция привела к включению трибблов в многочисленные эпизоды сериалов и фильмы франшизы. Второе имя капитана Джеймса Кирка — Тиберий — это ещё одна идея, не использованная в «Звёздном пути». Это имя упоминается в эпизоде «Бем» (1974) анимационного сериала «Звёздного пути», а затем в полнометражном фильме 1991 года «Звёздный путь 6: Неоткрытая страна».

Когда стартовал показ анимационного сериала «Звёздного пути» (это произошло 8 сентября 1973 года), в Южной Калифорнии был показан не тот эпизод, который увидела остальная страна. В этом штате первой показали серию «Год прошедший», тогда как везде в США первой шла серия «За самой далёкой звездой». Дело в том, что исполнявший роль Сулу актёр Джордж Такей баллотировался на выборную должность. Телестанции Южной Каролины решили, что если пустить в эфир эпизод «За самой далёкой звездой», где играет Такеи, Федеральная комиссия по связи США потребует от них предоставить политическим соперникам Такей такое же эфирное время в рамках честной конкуренции. Поэтому телестанции сначала выпустили в эфир второй эпизод анимационного сериала, в котором персонаж Такеи не появлялся.

Сценарии многих эпизодов мультсериала были написаны актёрами, снимавшимися в «Звёздном пути» (1966-1969).

Писатель-фантаст Питер Дэвид впоследствии включил двух персонажей (М'Ресса и Арекса) в свою серию книг «Звёздный путь: Новая граница», начиная с книги «Врата: Холодные войны» (2001). Эти же персонажи появляются в первом томе комиксов «Звёздный путь», выпущенных компанией «DC Comics», автором которых какое-то время тоже был Питер Дэвид.

Американский еженедельник «TV Guide» (выпуск 1 августа 2004 года) поставил экипаж «Звёздного пути» из всех сериалов и фильмов франшизы на второе место в рейтинге «25 величайших легенд научной фантастики».

Из-за нехватки выделенных на проект бюджетных средств Джеймсу Дуэну (исполнителю роли мистера Скотта), Джорджу Такей (мистер Сулу), Нишелль Николс (Ухура) и Маджел Бэррет (медсестра Чапел) были вынуждены озвучивать и других членов экипажа звездолёта «Энтерпрайз», прибывающих на борт людей, а также инопланетян во многих эпизодах сериала.

Некоторые актёры, снявшиеся в «Звёздном пути» (1966-1969), впоследствии озвучили своих персонажей в мультсериале (1973-1974). Это относится к Стэнли Адамсу и его персонажу Сирано Джонсу, который появился в эпизоде «Больше трибблов — больше проблем» (1973) анимационного сериала «Звёздного пути». Гарри Мадд говорил голосом Роджера Ч. Кармела в «Страсти Мадда» (1973), а Сарек — голосом Марка Ленарда в «Году прошедшем» (1973). В эпизоде «Год прошедший» Аманда, которую в «Звёздном пути» сыграла Джейн Уайатт, говорила голосом Маджел Бэррет.

Первая запись голосов для анимационного сериала «Звёздного пути» (1973-1974) состоялась в студии «Filmation Associates» в Резеде, Лос-Анджелес, Калифорния. Все без исключения актёры собрались тогда впервые с момента завершения работы над телесериалом «Звёздный путь» (1966-1969). За первую сессию было озвучено три эпизода первого сезона — «За самой далёкой звездой», «Год прошедший» и «Больше трибблов — больше проблем». Впоследствии актёры озвучивали свои реплики по отдельности, появляясь в студии, когда позволял график.

Если бы съёмки мультсериала продолжились, в последнем его эпизоде «Энтерпрайз» завершил бы свою пятилетнюю экспедицию и вернулся бы на Землю.

Некоторые эпизоды мультсериала сняты по сюжетам, отвергнутым авторами «Звёздного пути» (1966-1969) или же не использованным по каким-то другим причинам (например, в связи с окончанием сериала).

Как утверждается в книге «Создание поколения Filmation», руководство «Filmation Associates» носилось с идеей снять мультсериал по мотивам вселенной «Звёздного пути» ещё в 1969 году, т.е. сразу по завершении работы над третьим сезоном оригинального телесериала. Концепция мультсериала, однако, была бы совершенно другой, а сам мультсериал ориентировался бы на более молодую аудиторию. По сюжету, члены экипажа «Энтерпрайза» должны были стать наставниками подростков, составляющих команду учебного звездолёта «Экскалибур». У каждого из них был бы свой подопечный, которым подобрали имена Стив, Боб, Стик, Крис, Тан-Тан, Сторми и Плуф.

Оба сезона анимационного сериала «Звёздного пути» включают всего 22 эпизода. Таким образом, это самый короткий сериал франшизы «Звёздный путь». Он был продан телевизионной сети «NBC» как кинопродукт, который гарантированно привлечёт зрителей к экранам.

Специалисты «Filmation Associates» взяли три кадра со звездолётом «Энтерпрайз» из телесериала и при помощи техники ротоскопирования сделали возможным включение их в анимационный сериал «Звёздный путь». Были использованы следующие кадры: «Энтерпрайз» на орбите движется в направлении камеры (часто использовался в «Звёздном пути"), крупный план — вид на «Энтерпрайз» сверху (на место, где располагается мостик, кадр из эпизода «Клетка") и «Энтерпрайз» летит в направлении камеры (так же из «Клетки», этот кадр использовался редко).

Первый анимационный сериал производства «Filmation Associates», который телевизионная сеть «NBC» транслировала по утрам в субботу. До тех пор «NBC» категорически отказывалась покупать мультфильмы «Filmation Associates», однако с выходом в эфир «Звёздного пути» сложилась ситуация, когда в одно и то же время крупнейшие телевизионные сети в США транслировали сериалы «Filmation Associates».

Между звездолётом «Энтерпрайз» в анимационном сериале «Звёздном пути» и его предшественником в телесериале были некоторые отличия. Как утверждал сам Джин Родденберри, это было сделано в ответ на письма поклонников. К примеру, на мостик звездолёта в анимационном сериале «Звёздном пути» открываются двери двух турбо-лифтов. Родденберри сообщил, что многие зрители спрашивали у него, что будет, если единственный турбо-лифт выйдет из строя или заклинит его двери, а ему было нечего сказать в ответ. Так же в ответ на просьбы зрителей в экипаже звездолёта в мультсериале больше представителей внеземных цивилизаций (это, в частности, Арекс и М'Ресс). Родденберри как-то пошутил, что сам всегда хотел снимать побольше инопланетян, однако сталкивался в Гильдии киноактёров США с их острой нехваткой. На самом деле, в создании образов инопланетян новые горизонты перед авторами франшизы открыла именно мультипликация.

Анимационный сериал «Звёздный путь» (1973-1974) предназначался для детской аудитории, так что определенные элементы сюжета, к вящему неудовольствию Джина Родденберри и авторов сценариев, приходилось вырезать. Разочарованные поклонники «Звёздного пути» (1966-1969) неоднократно обвиняли анимационный сериал в примитивности и намеренном упрощении сюжетной канвы.