Создатели фильма отметили, что в процессе работы над проектом их источниками вдохновения для экшн-сцен были такие фильмы, как «Кулак легенды» (1994) и «Рейд» (2011).

На роль Сплинтера был взят актер Дэнни Вудберн, чей рост составляет 122 сантиметра, что соответствует оригинальным комиксам. Вудберн очень расстроился, когда узнал, что он будет только исполнять движения Сплинтера, которые затем будут перенесены в фильм при помощи технологии захвата движения. Голосом же Сплинтера стал Тони Шэлуб.

Кастинг на роли в клан «Фут» был проведен, когда празднование 25-летия «Черепашек-ниндзя» проходило в Лос-Анджелесе. Роли достались обычным людям с улицы.

Бретт Рэтнер рассматривался на должность режиссера проекта.

Джейн Леви, Анна Кендрик и Элизабет Олсен проходили прослушивание на роль Эйприл О'Нил.

Фильм вышел к 30-летию франшизы «Черепашки-ниндзя».

Изначально название фильма было Ninja Turtles. Teenage Mutant добавили, чтобы порадовать фанатов, когда они стали негативно отзываться о первоначальной версии названия.

Эйприл О’Нилл носит желтую куртку в фильме. Это отсылка к оригинальному сериалу «Черепашки-мутанты ниндзя» (1987—1996), где у Эйприл был желтый комбинезон.

Во время съемок, чтобы скрыть настоящее название, фильму присвоили рабочее название Foursquare («Квадрат»).

Изначально создатели хотели, чтобы у Микеланджело на шее была золотая цепь, но эту идею раскритиковали как стереотипную отсылку к чернокожим людям. В итоге вместо золотой цепи появилось ожерелье из морских ракушек, чтобы подчеркнуть любовь Микеланджело к серфингу и скейтбордингу.

Это первый фильм о черепашках-ниндзя, выпущенный в 3D.

Персонаж Бернадетт Томпсон (босс Эйприл) основан на Бёрне Томпсоне, боссе Эйприл из оригинального сериала «Черепашки-мутанты ниндзя» (1987—1996).

Сценарист Кевин Истмэн, один из создателей черепашек-ниндзя, снялся в эпизодической роли доктора.

Авторы найденной Сплинтером книги об искусстве ниндзя, по которой он будет учиться сам и учить черепашек, Истмэн и Лэрд. Это отсылка к Кевину Истмэну и Питеру Лэрду — создателям «Черепашек-ниндзя».

Из всех актеров, которые озвучивали мультсериалы о черепашках-ниндзя в 1990-х, Робби Рист (Микеланджело) был единственным, кто обвинил Майкла Бэя в том, что он изнасиловал сагу о черепашках-ниндзя их инопланетным происхождением. Брайан Точи (озвучивал Леонардо), Кори Фельдман (Донателло) и Джудит Хоаг (Эйприл О'Нил) одобрили развитие сюжета в этом направлении. Позже Рист взял свои слова назад.

В оригинальном сценарии присутствовали мутанты-головорезы Бибоп и Рокстеди. Но в итоге было решено, что эти персонажи появятся в сиквеле.

Когда черепашки-ниндзя сбежали из особняка вместе с Эйприл и ее оператором, они катились по канализационным трубам прямо по воде. Когда же компания приземлилась, одежда и волосы у Эйприл и оператора были совершенно сухими.

Когда черепашки назначают встречу, Эйприл приходит в черной майке. Однако позже в канализации на ней серая майка с рисунком.

Когда Эйприл впервые рассказывает руководству о загадочном «герое», помешавшем клану, в кадрах, где ее показывают со спины, цвет ее волос — рыжий, хотя в остальных ракурсах волосы у Эйприл черные.

В момент когда Эйприл звонит Вернону (58:55), тот берет трубку и улыбаясь говорит «Эйприл!». На самом деле он не мог знать, что это она, потому как Эйприл звонит с уличного таксофона.

Хотя автомобиль Эйприл таранит двое ворот, когда после этого его показывают крупным планом, то на нём ни царапины.

После того как Эйприл и оператор на автомобиле таранят первые ворота, по ним открывают огонь, на стекле появляются следы пуль, а затем оно и вовсе рассыпается. Когда машина отъезжает от вторых ворот стекло абсолютно целое.

Ворвавшись в замок Рафаэль выпрыгивает сквозь стенку фургона, Эйприл и оператор выходят из дверей. В следующем кадре, когда они подбегают к автомобилю уже с черепахами, задние двери фургона распахнуты.

Когда Эйприл сталкивает ногами Шредера по законам физики она ещё долго должна была раскачиваться в стороны как маятник, однако она совершенно статично висит на месте.

Когда черепахи катятся по канализации в конце они выныривают вчетвером, а в следующем кадре уже показывают стоящих Эйприл и оператора, хотя по логике выпрыгнуть они должны были одновременно.

Очевидно, что режиссёры не учли то, что совсем не маленькие черепахи просто не пролезли бы в стандартный канализационный люк.