В серии 3 сезона «Проклятие из прошлого» повторяются кадры из серий 1 сезона.

В оригинальном комиксе у всех четверых черепах были банданы одинакового красного цвета. В телепроекте цвета у всех разные. Автор сценария Питер Лэрд сделал бандану Леонардо синей, Рафаэля — красной, Донателло – фиолетовой, и Микеланджело – оранжевой. Такими они впоследствии и остались.

Перед началом работы над сериалом было решено сделать Эйприл О’Нил журналисткой, а не ассистенткой в лаборатории. Автор сценария Дэвид Уайз решил, что так главным героям будет проще получать информацию (проект был создан ещё до появления Всемирной паутины).

В оригинальных комиксах издательства Marvel солдаты были людьми, а не роботами, а потому черепашки-ниндзя их убивали. По моральным соображениям солдат сменили на роботов, и уже не показано, как черепашки-ниндзя кого-то убивают, даже когда они используют наступательное оружие.

Все актёры озвучивания работали в одном помещении. Продюсер Фред Вульф сообщил им, что если кто-то не сможет прийти на запись, ему немедленно найдут замену, и в нескольких случаях так и было – иногда некоторые герои говорят другими голосами.

Начиная с четвёртого сезона, нунчаки Микеланджело постепенно начали уступать место крюку в форме панциря черепахи (такими же пользовались и все остальные). В 5-м сезоне нунчаки безо всяких объяснений перестали появляться за поясом у Микеланджело. Дело в том, что к тому времени нунчаки были уже запрещены во многих странах, и во все уже отснятые кадры Микеланджело с нунчаками пришлось вносить изменения.

Продюсерам очень хотелось, чтобы артисты озвучивания относились к делу посерьёзнее, т.к. сами комиксы, по которым снят сериал, были серьёзными. Однако актёрам озвучивания всё это так нравилось, что они делали упор скорее на комедийные аспекты своих персонажей, да и потом, у многих из них у самих были дети, и они хотели, чтобы результат их работы нравился в первую очередь детям.